Το Λιμενικό Ταμείο είναι ένα Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου, μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, που λειτουργεί από το 1952, με τη σημερινή μορφή, έχοντας ως σκοπό την κατασκευή, συντήρηση και εκμετάλλευση λιμενικών υποδομών στο Νομό Χανίων. (Εξαίρεση αποτελεί το λιμάνι Χανίων, Νέας Χώρας και Αγ.Κυριακής Χαλέπας για τα οποία αρμόδιο είναι το Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο Χανίων.)

Για τον σκοπό αυτό , το Ελληνικό Δημόσιο, έχει παραχωρήσει στο ΛΤΝΧ τη χρήση και εκμετάλλευση χερσαίων και θαλασσίων εκτάσεων (λιμενικές ζώνες) γύρω από λιμενικές υποδομές, και τις έχει εντάξει στην δικαιοδοσία του.

Επειδή το Λιμενικό Ταμείο δεν έχει άλλους οικονομικούς πόρους, έχει νομοθετικά καθοριστεί η καταβολή τελών από όσους χρησιμοποιούν τις λιμενικές ζώνες. Τα περισσότερα από αυτά,  είναι ανταποδοτικά, και χρησιμοποιούνται για τη βελτίωση των λιμανιών.

Στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων του, λοιπόν, το λιμενικό ταμείο αναπτύσσει δραστηριότητες όπως αυτές που παρουσιάζονται παρακάτω:

• Διερευνά τα αιτήματα των τοπικών κοινωνιών, ως προς τις κατά τόπους λιμενικές ανάγκες
• Εκπονεί συστηματικές και επιστημονικά τεκμηριωμένες μελέτες για τη συντήρηση και ανάπτυξη των λιμενικών υποδομών όπου είναι εφικτό
• Παρακολουθεί και επιβλέπει τα πραγματοποιούμενα έργα.
• Φροντίζει για τη λειτουργία του ηλεκτρομηχανολογικού εξοπλισμού του.
• Επίσης, το Λιμενικό Ταμείο είναι αρμόδιο για τη διευθέτηση, όλων των ζητημάτων που προκύπτουν από την υπάρχουσα διοικητική, φορολογική, περιβαλλοντική, τεχνική , κλπ νομοθεσία, που αφορούν την καθημερινή δραστηριότητά του.